Desde o início do ano, a morte tem tocado de um modo especial as comunidades da Companhia de Jesus, em particular a Comunidade do Centro Inaciano do Lumiar, em Lisboa. Sabemos que estamos acompanhados por muitos amigos e que esta é uma experiência por que têm passado também muitas famílias. Vivemos a perplexidade e também a profunda ação de graças pela vida dos nossos companheiros que confiamos estarem já junto do Pai. Unimos a nossa oração à das famílias e amigos dos nossos companheiros jesuítas e à de tantos outros que têm experimentado viver o luto nestes tempos tão exigentes. Obrigado a todos os que se unem à Companhia de Jesus e nos manifestam a sua proximidade.
O P. José Afonso nasceu na freguesia de Santos-o-Velho, Lisboa, no dia 3 de abril de 1930 e entrou na Companhia de Jesus no dia 14 de novembro de 1956, em Soutelo, Braga. Antes de entrar na Companhia frequentou o Instituto Superior Técnico onde se formou em Engenharia Civil. Exerceu a profissão durante algum tempo e fez o serviço militar como engenheiro. Depois do Noviciado fez dois anos de Juniorado e foi professor de matemática dos Juniores. Em 1960 foi para a Faculdade de Filosofia de Braga onde estudou filosofia durante dois anos. Em 1962 foi para o Colégio das Caldas da Saúde, em Santo Tirso, onde foi professor e prefeito e colaborou na Enciclopédia VERBO. Em 1963 foi para Granada, Espanha, onde estudou teologia, até 1967.
Foi ordenado sacerdote no dia 3 de julho de 1966, em Lisboa, no Colégio de S. João de Brito. Esteve como Capelão Militar em Moçambique de 1968 a 1970. Em 1971 foi destinado a Moçambique e esteve na missão do Chiritze como diretor espiritual dos alunos, professor e visitava as comunidades cristãs da missão. Em 1973 foi nomeado pároco da Paróquia da vila do Furancungo. Fez os últimos votos no dia 2 de fevereiro de 1973, no Chiritze. Em 1974 mudou para a cidade da Beira onde foi vigário cooperador na Paróquia de Matacuane.
Em 1975 regressou a Portugal e esteve na residência da “Brotéria”, em Lisboa, como secretário da revista, auxiliar do bibliotecário e colaborava na Paróquia de S. Francisco de Paula e na Paróquia de Corroios, Almada. Em 1977 foi vigário paroquial do Vicariato de Nª Sª da Esperança, na Quinta do Conde, Setúbal, onde desenvolveu um trabalho notável, numa zona recém habitada e ainda sem estruturas eclesiais montadas, nem mesmo uma capela para o culto. Em 1983 foi nomeado pároco da Paróquia de Cristo Rei, no Pragal. Continuava a residir na residência da Brotéria e só a partir 1985 é que começou a residir na Paróquia de Cristo Rei. Em 1992 foi para Vila Nova de Santo André e foi pároco da Paróquia de Santo André e de Melides. Em 1995 foi para a Charneca da Caparica colaborar na Paróquia.
Em 1997 voltou para Moçambique e foi nomeado pároco das Paróquias de Vila Ulóngue e da Mpenha. Foi superior da comunidade de Ulóngue e coordenador do Centro de Formação e Promoção da vila. Em 2002 foi para a Beira colaborar na Paróquia de Matacuane. Em 2004 foi nomeado pároco da Paróquia de Msaladzi e residia na missão da Fonte Boa. Estava nesta residência quando a missão foi assaltada e assassinado o P. Waldyr dos Santos e a voluntária dos Leigos para o Desenvolvimento, Idalina Gomes, no dia 6 de novembro de 2006.
Em 2009 regressou definitivamente a Portugal e foi pároco da Paróquia da Sobreda, Caparica. Em 2015 foi para a residência da Brotéria onde exercia o ministério sacerdotal na Basílica da Estrela e em duas irmandades, a de Nª Sª da Quietação (Flamengas) e de Nª Sª das Dores (Belém), para além de continuar a assistir uma equipa de casais. Debilitado na saúde foi, em 2019, para a enfermaria do Colégio de S. João de Brito.
Faleceu no dia 21 de abril de 2021, num hospital, em Lisboa, na sequência de complicações que surgiram depois de ter sido atingido pela COVID-19.
O P. José Afonso foi um sacerdote cheio de zelo apostólico e sempre disponível para o ministério sacerdotal. Irradiava boa disposição e era amigo de todos.
Amanhã, dia 23 de abril, às 18h30, é celebrada uma missa de ação de graças pela sua vida na Igreja do Colégio de São João de Brito, em Lisboa. Devido às circunstâncias da sua morte, não será possível celebrar missa de corpo presente.