O P. João Baptista Alves de Magalhães nasceu no dia 2 de julho de 1933 em Alijó, freguesia de São Bartolomeu do Rego, concelho de Celorico de Basto, distrito de Braga.
Após os estudos no Seminário Menor (Escola Apostólica) de Macieira de Cambra (1946-51), entrou na Companhia de Jesus no dia 01 de setembro de 1951, no Instituto Nun’Alvres, Caldas da Saúde (Santo Tirso), onde o Noviciado esteve provisoriamente alguns meses, entre o incêndio do então Noviciado da Costa, em Guimarães, e o começo do funcionamento do novo Noviciado em Soutelo (Braga), para onde seguiu poucos dias depois.
Fez o Juniorado ainda em Soutelo (1953-56); a Filosofia em Braga (1856-59); o Magistério em Cernache (Coimbra), como professor de matemática e desenho (1959-61); e a Teologia em San Cugat del Vallés (Barcelona, Espanha) (1961-65), tendo recebido a ordenação sacerdotal na Covilhã no dia 25 de julho de 1964. Fez a sua Terceira Provação em Salamanca, Espanha (1965-66).
Após a sua formação foi destinado a Capelão Militar na Guiné, desde novembro de 1966 a agosto de 1968. De outubro de 1968 a agosto de 1969 cursou um ano de pastoral no Instituto Católico de Paris (França).
Em 1969 assumiu o cargo de pároco da Paróquia de São Francisco de Paula, em Lisboa, pertencendo à comunidade da Casa de Escritores São Roberto Belarmino (Brotéria), então situada na área da mesma paróquia. Em 2008 rumou para a Póvoa do Varzim, onde foi Reitor da Basílica do Coração de Jesus entre 2009 e 2017. Em 2018 foi enviado para a comunidade de Nossa Senhora de Fátima (Porto), onde colaborou na Igreja de Nossa Senhora de Fátima. Faleceu no dia 7 de dezembro, ao fim do dia.
O P. João Baptista Magalhães cumpriu entre nós 92 anos de idade, 74 dos quais na Companhia de Jesus. O funeral terá lugar dia 9 de dezembro, terça-feira, às 14 horas, na Igreja de Nossa Senhora de Fátima, no Porto.
