Rui Fernandes nasceu em Santarém em 1983. Depois de uma passagem pelo curso de engenharia mecânica, entrou no seminário diocesano, onde concluiu o curso de teologia. Em 2008, entrou na Companhia de Jesus, onde fez os seus estudos de filosofia (Braga), teologia fundamental (Centre Sèvres - Facultés Jésuites de Paris) e islâmica (Institut Catholique de Paris). Presentemente é aluno de doutoramento (UCP - Lisboa/Universidade de S. José - Beirute no Líbano)) na área do diálogo entre cristianismo e islão, feito a partir da música. Foi ordenado sacerdote a 7 de julho de 2018