Nascido a 3 de Abril de 1930 em Lisboa, ingressou na Companhia de Jesus onde professou e foi ordenado sacerdote a 3 de Julho de 1966. Em 1967 foi como missionário para Moçambique.
Em 1975 regressou a Portugal e em 1978 chega à Diocese de Setúbal, sendo nomeado vigário paroquial do Vicariato de N.ª Sr.ª da Esperança, na Quinta do Conde. Em 1983 foi nomeado pároco da Paróquia de Cristo Rei – Pragal. Foi o 2º Pároco da Paróquia. Aí fundou o Apoio Fraterno, o Agrupamento 802 do Pragal, e deu início ao Centro Social Paroquial de Cristo Rei. Conseguiu também o primeiro espaço de culto nos Bairros, a loja nº 8, na Rua do Lago e, passados uns anos, a Igreja na Quinta de S. Francisco de Borja, atualmente Igreja Paroquial de S. Francisco Xavier de Caparica.
Entre 1992 e 1995 foi para Santo André, na Diocese de Beja, regressando à Diocese de Setúbal para a Paróquia da Charneca da Caparica, como colaborador, para partir novamente para Moçambique.

Em 2009 regressou definitivamente a Portugal e foi pároco da Paróquia da Sobreda e da Paróquia de Vila Nova de Caparica.

Em 2015 voltou a Lisboa, cumprindo atividades pastorais diversas.

Este ano, tendo cumprido a sua missão ao lado dos seus com muito amor, zelo, alegria e extrema sensibilidade pelos mais pobres, o Padre José Afonso Marques Pinto foi chamado, no dia 21 de Abril, a viver na glória do Senhor.
Seja-lhe dado, agora, participar da eternidade reservada para os que, na terra, foram amigos de Deus e fizeram a sua vontade.
A Companhia de Jesus perdeu um sacerdote, o Céu ganhou um Santo.